Refugio cuenta la historia de Mickey Bolitar, un joven que, después de la repentina muerte de su padre, comienza una nueva vida en Kasselton, Nueva Jersey. Allí, con su madre en rehabilitación y una tía bastante molesta, va a una nueva escuela. Pronto se verá envuelto en la misteriosa desaparición de una estudiante de su escuela, y esto le llevará a descubrir secretos inimaginables de su tranquila comunidad en los suburbios.
Con la ayuda de sus nuevos amigos, la ingeniosa Spoon y la reservada Ema, Mickey se adentrará en el lado oscuro de Kasselton, y dar así respuesta a décadas de desapariciones, muertes y leyendas.
